闸身为涵洞，洞口装设闸门的水闸，又名封闭式水闸或涵管式水闸。常用于闸孔位置较深、尺寸较小、设置在高填方或深挖方的河渠堤防上的水闸。由于洞身上部填土可以作为路基，不需另设交通桥，两岸联接结构也远较开敞式水闸简单，因而较为经济。

涵洞式水闸分有压涵洞式和无压涵洞式两种，灌溉工程中的小型排水闸、冲沙闸和小型分水闸常为无压式。涵洞式水闸通常具有以下特点：靠填土挡水;闸基防渗要和堤身防渗统一考虑;洞身内的水流流态随闸前江河水位变化而变化，同一水闸洞身内可能出现有压流、 无压流和半有压流等不同流态， 设计时应力求只出现一种流态; 洞上填土荷载不均匀 ......