由真菌、细菌、病毒等的侵染， 造成对亚麻的伤害。主要有亚麻炭疽病、亚麻立枯病、亚麻锈病、亚麻斑点病等。

亚麻炭疽病Colletotricu m linicolum是中国亚麻产区的主要病害。病苗胚轴上有锈色或黄色的长条病斑， 子叶边缘常形成下陷的半圆形病斑，呈黄褐色，斑中有轮纹， 使子叶枯死。成株感病叶片产生暗褐色圆形病斑， 茎上有褐色稍凹的溃疡斑。被害蒴果形成褐色圆形病斑，严重时麻株常成片死亡。轮作换茬，得当的田间管理， 药剂拌种均可防治。

亚麻立枯病Rhizoctonia bolani世界各国均有发生。中国以东北麻区发生较重。幼苗感病， 茎基部呈黄褐色条状斑痕，形成绞缢。导致麻株倒伏或立枯， ......