生活在土壤中的细菌、放线菌、真菌、藻类和原生动物的总称。数量众多，种类复杂，与土壤肥力的变化、营养元素的循环、土传性病害的发生及土壤的净化均有密切关系。

表层土壤含有机质较多，透气性好，水分适宜，根系旺盛，所含微生物在数量和种类上都比深层土内多(见根际微生物)，且有明显的季节性变化。

土壤中绝大部分微生物为腐生菌或兼性腐生菌，有机质是它们必不可少的碳源和能源，有机质丰富的土壤为它们的活动创造了更为良好的条件。除腐生菌外，土壤中还有一类不需要有机质的化能自养细菌，如硝化细菌、硫化细菌，它们在营养元素的转化中也起着十分重要的作用(见硝化细 ......