从自然感染病毒的植株中，去除其他病毒种类或株系而获得所需的单一病毒种类或株系的过程。亦称生物纯化(biological purification)。分离是鉴定植物病毒、了解与研究植物病毒病害发生发展规律及其控制的基础工作。

早在20世纪初，美国奥顿(W.A.Orton，1914)和加拿大范德波尔(T.C.Vantelpool，1925～1930)分别报道了马铃薯X病毒与Y病毒对马铃薯以及烟草花叶病毒与马铃薯X病毒对番茄同一植株的混合侵染现象。30年代又报道了植物病毒不同株系的存在与混合侵染问题。此后即开展了植物病毒各种分离方法的研究。常用的分离方法如下。

利用寄主植物分离病毒 用只能感染某种病毒的专化寄主植物从混合感染的病株 ......