建立取代基及其在分子中的位置与分子生物活性间函数关系的方法。1964年弗雷(Spencer M.Free)和威尔森(James W.Wilson)提出如下假设： 分子中每一个取代基，在不同的位置上对生物活性都产生一定的贡献，用下式表达：

式中 log 1/C为生物活性;A为基准化合物的理论活性的对数值; Gij是分子中第i个取代基在第j个位置上对分子活性的贡献;Xij是指示变量，只取1或0两个值，用以表示第i个取代基在第j个位置上的有或无。根据分子的结构及活性，利用上式可写出一系列方程，然后使用最小二乘法解此方程组，从而可以算出某个取代基在某一位置上对分子活性的贡献。

使用此方程时，化合物数目不能低于限度，各取 ......