福建农业环境保护开始于80年代初。1982年福建省农业厅成立了专门的农业环境保护机构。1986年，国家农业部环保能源司和福建省计划委员会联合投资建立了福建省农业环境监测站。随后，厦门、泉州、南平、龙岩等地区也先后成立了农业环境监测保护站，初步建立了一支农业环保专业队伍，并积极开展了农业环境监测和管理工作。

福建省农业部门从1986年起，开展了对农业环境污染和农业生态状况的调查研究工作，在此基础上，对部分重点污染区农业环境质量进行追踪监测。例如，1988—1992年，在福州郊区开展菜园土壤和农灌水监测调研工作，重点对作物、畜产品、土壤、沟渠灌水中的汞、镉、铅、 ......