1979年自治区水产局成立时，在局内设立“渔政科技处”，这是新疆最早的正式渔政管理机构。

为加强天然水域渔业资源的管理，1980年分别在博斯腾湖和乌伦古湖(又称布伦托海、福海湖)设立渔政管理站，按国家有关规定，实行渔业捕捞许可证制度。根据当时渔业资源状况，对从事捕捞生产的单位和个人，在作业时间、场所、网具规格和数量等方面作了规定，将渔业捕捞生产正式纳入了法制管理轨道。目前实行渔业捕捞许可证制度的水域还有伊犁河和额尔齐斯河。

1986年国家《渔业法》颁布之后，为适应渔业法制建设的需要和加强自治区的渔政管理工作，1988年自治区水产局设立“自治区渔政管理总站 ......