1995年6月，国务院下达《关于粮食部门深化改革实行两线运行的通知》，将粮食部门政策性业务和商业性经营分开，按“统一领导，两线运行，明确职责，分别核算，稳定市场，搞活经营”的原则，中央和地方的粮食事权彻底分开，政策性业务和商业性经营分别核算。云南于同年11月作了部署。和全国一样，因认识不统一，政策不配套，政企未彻底分开，形成巨额亏损。

这个时期的粮食收购实行如下政策：①大幅度调高粮食定购价格。1997年较大幅度提高定购价，稻谷、小麦、玉米三种粮食定购价每百千克由101.6元提高到144.8元，提幅42.6%。云南继续保留价外补贴。②针对1996年粮食大丰收，粮价猛跌的 ......